Im Spiel kämpfen sich die Spieler in der Rolle ihrer Lieblingsninjas Lloyd, Nya, Jay, Kai, Cole, Zane und Meister Wu mit Ehre und Können durch Wellen von Feinden, um ihre Heimatinsel Ninjago gegen den teuflischen Lord Garmadon und seine Hai-Armee zu verteidigen. Dazu müssen sie die Kunst der Ninja-Beweglichkeit meistern, mit der sie sich durch Ninjago bewegen können, indem sie die Wände entlanglaufen, hoch in die Luft springen und die Feinde von Ninjago bekämpfen. Dadurch steigen sie im Rang auf und verbessern die Kampfkunst ihrer Ninja. Die Spieler können die Kraft des Spinjitzu nutzen, um Ninjago gemeinsam zu verteidigen.